1月24日，生物物理所调整科研组织架构，组建形成生物大分子、表观遗传调控与干预、脑与认知科学3个重点实验室。成立怀柔生物智能多学科交叉中心。

2月27日，生物物理所调整管理和支撑部门，设综合处、党群工作部、科学技术处、人事处、教育处、资产财务处6个管理部门和学术支撑部。

4月18日，中国科副院长、党组副书记吴朝晖调研生物物理所。

5月，王祥喜获2024年度“中央和国家机关青年五四奖章”。

5月28日，生物物理所召开第十届工会会员代表大会第一次全体会议，选举发生第十届工会委员会、工会经费审查委员会。

5月29日，“十四五”科教基础设施生物大分子药物创新研发平台项目可行性研究取得中国科批复。

6月5日，生物物理所第十一届党委第8次会议审议同意，根据科研单元调整情况重新组建基层党组织，调整后全所设2个党总支、22个党支部。

6月24日，朱冰作为第一完成人的科研成果“细胞命运稳定性与可塑性的表观遗传调控机制”获2023年度国家自然科学奖二等奖。

6月25日，高璞获2024年度陈嘉庚青年科学奖。

6月28日，生物物理所召开第五次妇女代表大会，选举发生第五届妇委会。

7月30日，陈润生、陈畅、杨福全、栾贵波、纪伟、李岩、王祥喜获“中央和国家机关‘四好’党员”荣誉称号。

8月26日，纪伟获新基石科学基金会前沿交叉领域“2024年科学探索奖”。

8月，生物物理所“复杂体系动态结构成像极限”科研项目入选中国科基础研究领域青年团队计划。

10月9日，薛愿超获第十七届“谈家桢生命科学创新奖”。

10月30日，生物物理所举办“星耀生命科学——杨福愉院士学术精神传承研讨会”。经国际天文学联合会小天体命名委员会批准，由中国科国家天文台发现、国际编号为27910号的小行星被命名为“杨福愉星”。

11月17日，纪伟、高璞获第十八届中国青年科技奖。

11月19日，陈润生作为第二完成人的科研成果“长链非编码基因系统发现及分子特性和功能的理论研究”获2023年度北京市自然科学奖一等奖，生物物理所作为第二完成单位的成果“衰老的机制和干预研究”获2023年度北京市自然科学奖二等奖。